Xa temos os resultados da PCR que fixemos con Luis e Andrea de
Saca la lengua. Esta é a mensaxe na que nos explican a técnica e os resultados:
La técnica de electroforesis en gel de agarosa es
una de las más utilizadas en un laboratorio. Con ella, en nuestro
caso, comprobamos que la PCR que hemos hecho antes ha salido bien.
Como ya explicamos, en un laboratorio los geles de agarosa se tienen
que confeccionar al momento para realizar la electroforesis. En
nuestro caso “especial” para que pudiera ser portátil y más
rápido utilizamos geles pre-confeccionados. Dado que el DNA es
transparente para poder verlo en el gel tiene que teñirse con SYBR
safe (una tinción específica para DNA).
Los “agujeros rectangulares” que están
numerados arriba del todo del gel se llaman pocillos y son donde se
ponen (cargan) cada una de las muestras que queremos ver. Cada
columna vertical correspondiente a cada pocillo se llama carrera.
En los pocillos del 1 al 6 están cargadas 6
muestras tomadas de 6 tubos de los alumnos. Como se ve en la imagen
solo en la muestra número 2 aparece una banda. Esto no quiere decir
que en los tubos de donde se han tomado las muestras 1, 3, 4, 5 y 6
no haya DNA de microbios. Lo que puede haber pasado es que: a. Esos
alumnos se hubieran lavado muy bien la boca esa mañana disminuyendo
así el número de microbios bucales y b. de todo el tubo de
?salivilla? Luis solo coge 7,5 microlitros para realizar la PCR por
lo que puede que no haya pillado microbios. En el CRG cuando analicen
los tubos se analiza absolutamente toda la muestra y seguro que
entonces encontrarán microbios. En el caso de la muestra número 2
aparece una banda de DNA. Esto quiere decir que Luis sí que pilló
microbios para hacer la PCR por lo que el DNA de estos microbios se
amplificó en ella (los primers se pegaron donde se tenían que
pegar, la polimersasa actuó) y cuando cargamos esa muestra en el gel
de agarosa aparece una banda de DNA a la altura a la que tendría que
aparecer (ya que sabemos que el DNA que se ha amplificado mide unas
670 pares de bases).
La altura a la que aparecen las bandas de DNA y su
correspondiente peso molecular lo podemos “intuir” un poco a ojo
ya que el marcador de peso molecular de DNA no se ve bien. Lo que me
lleva al siguiente punto. En el pocillo número 9 está cargado el
marcador de peso molecular de DNA. Este marker nos debería servir
para comparar nuestras muestras con las diferentes bandas a
diferentes alturas que deberían salir en esa carrera. Como se puede
ver en la foto en el marcador sale como un borrón negro y no se ven
bien las distintas bandas? en todos los geles que hemos hecho hasta
ahora sale así. Esto se debe a que el marcador lleva un colorante
que no se ve con luz ultravioleta pero como en nuestra máquina
portátil de electroforesis utilizamos luz azul sí que se ve y tapa
lo demás. Idílicamente debería salir una columna de diferentes
bandas correspondientes a DNA de distinto peso molecular con el que
poder comparar las demás bandas de los otros pocillos.
En el pocillo número 7 está cargado el control positivo. Algo
que sabes que te tiene que dar una banda de DNA. En nuestro caso
utilizamos directamente DNA de bacteria. Al hacer la PCR con una
muestra de DNA de bacteria los primers se pegan en su sitio y la
polimerasa actúa amplificándolo por lo que al cargar esa muestra en
el gel sale una banda de DNA que confirma que ha habido amplificación
en la PCR.
En el pocillo número 8 está cargado el control negativo. Algo
que sabes que no te tiene que salir. En esté control
tuvimos problemas. Nosotros utilizamos agua. Al hacer la PCR con
una muestra que solo lleve agua los primers no pueden pegarse a
ningún sitio, la polimerasa no puede actuar y no se amplifica nada.
Es por esto que al cargar esta muestra en el gel no sale ninguna
banda de DNA. Lo que nos había pasado en todos los geles de las
primeras semanas de tour es que nos salía una banda en el control
negativo. Se trataba de una contaminación que, tras mucho cambiar,
estaba en el agua y la TAC polimerasa.
Espero que haya quedado claro. ¡Si tenéis alguna duda o queréis
más información no dudéis en contactar con nosotros!
Andrea e Luis
